После смерти Сарутоби Хирузена - Третьего Хокаге, Листом в первое время правит Совет старейшин, после чего правление переходит к Цунаде. Наруто и Джирайя, после трехлетнего отсутствия, возвращаются в селение. На протяжении нескольких месяцев ситуация в деревне остается стабильной и спокойной. "Корень" действует в тайне ото всех, следуя собственным целям. В мае 999 года, группа неизвестных, проникнув в Коноху, выходит на Узумаки Наруто, с целью его захвата и активации Девятихвостого прямо в центре селения. Фальшивые улики, подброшенные преступниками, указывают на причастность Киригакуре. В ходе расследования, с участием Кисараги Сецуны, Узумаки Наруто и Хьюга Хинаты, удаётся узнать, что особая конфигурация клинков, принадлежащих арестованным, использовалась не только в Кири, но и в Сора но Куни.
Подробности>>
Недалеко от Конохи была найдена шахта с кристаллами чакры, которую нелегально использовало бандитское формирование. Теперь селение получает неплохую прибыль с продажи кристаллов другим странам и использует материал в своих нуждах. Попытки вынести часть сырья контрабандой уже не раз пресекались местными шиноби.
В связи с появлением клана Кодаймуши, организовавшего визит в Коноху и оказавшегося родственным клану Абураме, между ними возникли разногласия в виду запутанной родословной. Никто не знает, чем всё может закончится.
Отправленная в ночной патруль, команда №10, обнаружила в небе 5 летящих фигур с крыльями и начала преследование. На одной из полян, неизвестные приземлились, чтобы кому-то передать важный груз. Попытка захватить одного из летунов оказалась проваленной, в результате чего захваченный шиноби был убит кем-то из своих, остальные, сбежали с грузом. Команда №10 запустила в небо сигнальную ракету, подняв на ноги поисковые отряды. Оставшиеся металлические крылья, которые использовал враг, были доставлены Хокаге. По всем признакам, они принадлежат "Черному солнцу".
Майто Гай и Узумаки Наруто удачно спасли посла Ивагакуре из лап бандитов, шантажировавших мэра г. Отафуку, куда посол отправился с дипломатическим визитом.
В священной части леса страны Огня, духи, под воздействием темных сил нападают на людей и угрожают сорвать большой праздник. Команда охотников на екаев в составе Торфа и Сакуры, а также временно присоединившемуся к ним Одзаки Райто, приехавшему посмотреть на торжество, расследуют причины и успешно спасают лес от порчи. В ходе расследования они получают информацию от захваченного в плен члена тайного ордена "Морион", проясняющую связь с убийством екаев и сбором их чакры.
Подробности>>
Информация о таинственном происхождении и появлении шахты кристаллов на территории страны Огня доходит до"Черного солнца" через свои каналы. Оказывается, кристаллы растут в так называемой точке соприкосновения двух измерений и являются чужеродным продуктом. Скрытый портал в другой мир, чрезвычайно богатый энергией - весьма ценная добыча, чтобы ее упустить. "Черное солнце" руками подчиненного им формирования готовит спецоперацию по внедрению своих агентов в другое измерение, а после, и захвату самого портала.

Суной правит Сабаку но Гаара. Жители и совет разделились на два лагеря, ходят волнения, по поводу нового Каге с темным прошлым. Селение постепенно налаживает политические отношения с Листом.
Недавно, кто-то совершил диверсию на водонапорной станции, вывел ее из строя, дабы лишить деревню воды. С какой целью это было сделано, пока неизвестно. Оказавшиеся в селении и остановившиеся на ночлег, Наруто и Хината, не могут бросить друга в беде. Они подключаются к спасению Суны и расследованию произошедшего. Ребята успешно спасают селение от множества проблем, связанных с водоснабжением, но диверсант подрывает себя, оставив лишь осколок кулона с загадочным символом, который послужит важной зацепкой в будущем.
В Стране Ветра происходит землетрясение, в результате которого местные сенсоры ощущают появление большого количества чакры в одном из районов пустыни. Возможно, это заброшенная лаборатория или что-то другое. Опытный наемник Вектор и коноховец Итудзумару Сенкай отправились на разведку.

Туманом правит Мэй Теруми. Селение постепенно оживает после кровавого периода и старается очистить свое имя. Живы некоторые представители клана Мурамаса, в виду чего возможны изменения во внутренней и внешней политике Мизу но куни. Хатаке Какаши и Узумаки Наруто расследуют исчезновение научно-исследовательского судна страны Огня близ одного из островов Воды, но на начальном этапе сталкиваются в порту Кири с кланом Мурамаса, устроившем нападение на деревню.
Итогом битвы является отступление клана и смерть его главы от руки сына. Изгнанник, стертый со страниц истории Киригакуре, но помешавший нападению своих сородичей на Мизукаге, попадает в отдел дознания, где раскроет свои тайны. Коноховцы отправляются в страну Неба для дальнейших поисков.
Спустя немного времени, Умидан Мурамаса, ныне Мэталл становится Айнкаге. В глазах жителей он герой, ныне защищающий селение и являющийся правой рукой Теруми Мэй. Казалось бы, для Кири наступила эпоха стремительного развития, но всё же нашлись те, кто намеренно или следуя глупым убеждениям решили затормозить процесс, организовав череду загадочных событий, одним из которых явился крупный теракт с применением биологического оружия, названным впоследствии "Пожирателем".
Подробности>>
В ходе расследования и борьбы с "Пожирателем", Вектор и Райто нашли виновных и причины теракта. Против заразы был разработан антидот, ныне применяемый в Киригакуре и предложенный другим странам на саммите Каге, в обмен на иные, ценные товары, во избежание масштабных конфликтов. Нить одного дела постепенно привела Вектора и Райто к другому. Выяснилось, что первыми распространителями заразы являются "спящие" агенты - люди с подчиненной волей и разумом около трех десятилетий назад, вследствие применения на них ныне закрытой программы "Абаддон", запущенной еще предыдущим Дайме. Нынешнему правителю страны вместе с Вектором и Райто выпала честь разгребать последствия. 43 "спящих" агента должны быть найдены...
Подробности>>
Вскоре, в Кири раскрывается внутренний заговор в рядах контрразведки, заинтересованной в продолжении использования запрещенной программы. Вектор ликвидирует некоторых "спящих", а после, став жертвой первого опыта подчинения воли, теряет над собой контроль. В результате последствий, его заключают под стражу и "промывают мозги", однако, его временный напарник - Одзаки Райто, тайно помогает ему сбежать.
После этого, агенты контрразведки заставляют Райто хранить молчание по этому делу, во избежание серьезных последствий для дорогих ему людей. В ответ на это, Одзаки тайно изобретает средство массового погружения в сон, которое может пустить в ход, если контрразведка переступит черту. Металл Умидан и Вектор решают взять дело в свои руки и готовят спецоперацию.
Подробности>>
Страна Воды отправляет часть флота на помощь стране Снега в битве против аномалии, породившей неисчислимое количество неизвестных существ, представляющих угрозу для людей.
Подробности>>