После смерти Сарутоби Хирузена - Третьего Хокаге, Листом в первое время правит Совет старейшин, после чего правление переходит к Цунаде. Наруто и Джирайя, после трехлетнего отсутствия, возвращаются в селение.
На протяжении нескольких месяцев ситуация в деревне остается стабильной и спокойной. "Корень" действует в тайне ото всех, следуя собственным целям. В мае 999 года, группа неизвестных, проникнув в Коноху, выходит на Узумаки Наруто, с целью его захвата и активации Девятихвостого прямо в центре селения. Фальшивые улики, подброшенные преступниками, указывают на причастность Киригакуре. В ходе расследования, с участием Кисараги Сецуны, Узумаки Наруто и Хьюга Хинаты, удаётся узнать, что особая конфигурация клинков, принадлежащих арестованным, использовалась не только в Кири, но и в Сора но Куни.
Подробности>>

Суной правит Сабаку но Гаара. Жители и совет разделились на два лагеря, ходят волнения, по поводу нового Каге с темным прошлым. Селение постепенно налаживает политические отношения с Листом. Недавно, кто-то совершил диверсию на водонапорной станции, вывел ее из строя, дабы лишить деревню воды. С какой целью это было сделано, пока неизвестно. Оказавшиеся в селении и остановившиеся на ночлег, Наруто и Хината, не могут бросить друга в беде. Они успешно спасают Суну от множества проблем, связанных с водоснабжением, но диверсант подрывает себя, оставив лишь осколок кулона с загадочным символом, который послужит важной зацепкой в будущем.

Туманом правит Мэй Теруми. Селение постепенно оживает после кровавого периода и старается очистить свое имя. Живы некоторые представители клана Мурамаса, в виду чего возможны изменения во внутренней и внешней политике Мизу но куни. Хатаке Какаши и Узумаки Наруто расследуют исчезновение научно-исследовательского судна страны Огня близ одного из островов Воды, но на начальном этапе сталкиваются в порту Кири с кланом Мурамаса, устроившем нападение на деревню. Итогом битвы является отступление клана и смерть его главы от руки сына. Изгнанник, стертый со страниц истории Киригакуре, но помешавший нападению своих сородичей на Мизукаге, попадает в отдел дознания.
Коноховцы отправляются в страну Неба для дальнейших поисков, к сожалению, не увенчавшихся успехом.
Спустя немного времени, Умидан Мурамаса, ныне Мэталл становится Айнкаге. В глазах жителей он герой, ныне защищающий селение и являющийся правой рукой Теруми Мэй. Казалось бы, для Кири наступила эпоха стремительного развития, но всё же нашлись те, кто намеренно или следуя глупым убеждениям решили затормозить процесс, организовав череду загадочных событий, одним из которых явился крупный теракт с применением биологического оружия, названным впоследствии "Пожирателем".
Подробности>>
В ходе расследования и борьбы с "Пожирателем", Вектор и Райто нашли виновных и причины теракта. Против заразы был разработан антидот, ныне применяемый в Киригакуре и предложенный другим странам на саммите Каге, в обмен на иные, ценные товары, во избежание масштабных конфликтов. Нить одного дела постепенно привела Вектора и Райто к другому. Выяснилось, что первыми распространителями заразы являются "спящие" агенты - люди с подчиненной волей и разумом около трех десятилетий назад, вследствие применения на них ныне закрытой программы "Абаддон", запущенной еще предыдущим Дайме. Нынешнему правителю страны вместе с Вектором и Райто выпала честь разгребать последствия. 43 "спящих" агента должны быть найдены...
Подробности>>>