После смерти Сарутоби Хирузена - Третьего Хокаге, Листом в первое время правит Совет старейшин, после чего правление переходит к Цунаде. Наруто и Джирайя, после трехлетнего отсутствия, возвращаются в селение. Положение в селении спокойное. Жители ведут привычный образ жизни. "Корень" продолжает действовать в тайне от всех, следуя собственным целям.

Суной правит Сабаку но Гаара. Жители и совет разделились на два лагеря, ходят волнения, по поводу нового Каге с темным прошлым. Селение постепенно налаживает политические отношения с Листом. Недавно, кто-то совершил диверсию на водонапорной станции, вывел ее из строя, дабы лишить деревню воды. С какой целью это было сделано, пока неизвестно. Оказавшиеся в селении и остановившиеся на ночлег, Наруто и Хината, не могут бросить друга в беде. Они подключаются к спасению Суны и расследованию произошедшего.

Туманом правит Мэй Теруми. Селение постепенно оживает после кровавого периода и старается очистить свое имя. Живы некоторые представители клана Мурамаса, в виду чего возможны изменения во внутренней и внешней политике Мизу но куни. Хатаке Какаши и Узумаки Наруто расследуют исчезновение научно-исследовательского судна страны Огня близ одного из островов Воды, но на начальном этапе сталкиваются в порту Кири с кланом Мурамаса, устроившем нападение на деревню.

Облаком правит Эй Йотсукэ. Внутри селения жизнь идет своим чередом, однако враги окружают извне. Райкаге ведет борьбу с преступной организацией "Черное солнце", о которой узнал несколько недель назад, после того, как один из его подчиненных, предал его, убив одного из ценных шиноби Молнии по приказу "Черного солнца".

Камнем правит Рьётенбин но Оноки. Между Каге и советом наблюдаются разногласия. Группа радикалов хотела развязать войну между Ивой и Конохой. Дабы предотвратить это, команда Листа под руководством опытного бойца отправилась к штабу организации и выполнила миссию успешно.

Дождем правят Пейн и Конан. Селение залечивает раны после гражданской войны. Экономика постепенно идет вверх. Каге продолжает стремиться к цели достижения мира с соседними странами.